В 20 веке попытки создания музея еврейской культуры в Вильнюсе предпринимались трижды. Впервые это произошло в 1913 году. Музей просуществовал до начала второй мировой войны. За это время была собрана уникальная коллекция предметов народного искусства, книг, периодических изданий и документов, практически полностью уничтоженная во время войны.
    В 1944 году благодаря усилиям тех, кому чудом удалось выжить, был учрежден второй музей, целью которого было возрождение еврейской культуры и сохранение памяти о тысячах жертвах фашизма, замученных, сожженных, расстрелянных в концентрационных лагерях. Но в 1949 году музей был закрыт по распоряжению советских властей, проводивших политику антисемитизма.
     На протяжение всего периода, когда Литва была советской республикой, создание какого-либо института, занимающегося еврейской культурой и религией, было просто невозможно. И только сорок лет спустя, в 1989 году, был открыт третий по счету еврейский музей, существующий до сих пор.
     Богатое собрание музея можно разделить на четыре раздела::
- Коллекция культовых предметов, используемых в религиозных обрядах, и предметов, имеющих историческое значение (в основном предметы прикладного искусства). Старейшие экспонаты датируются началом 18 века.
- Коллекция фотографий культурных памятников, выдающихся деятелей, важных культурных и политических событий, повседневной жизни.
- Коллекция живописи, графики, скульптуры и текстиля. Музей располагает работами художников Б. Михтома, С. Эфрона, М. Мане-Катца, Е. Лурье, М. Перкова, Б.Биндлера, М. Мергашильского и других.
- Коллекция печатных изданий и рукописей (документы, письма, дневники и др.).
    В настоящее время в музее действует несколько постоянных экспозиций, посвященных трагической судьбе еврейского народа до второй мировой войны, холокосту, истории забытого театра в гетто. Также открыта экспозиция, рассказывающая о существующих и разрушенных литовских синагогах.
    В 1997 году по случаю двухсотлетия со дня смерти знаменитого Виленского гаона Элии бен Соломона Залмана (1720-1797) музею было присвоено его имя. Великий гаон Залман был не только духовным лидером еврейской общины в Литве и России, но и во всей восточной и центральной Европе. Залман посвятил свою жизнь изучению священных религиозных текстов, ввел новый метод толкования Талмуда и попытался вернуть еврейскому закону его рациональную основу, снабдив его критическими комментариями. После его смерти было издано около семидесяти книг, в которых Виленским гаоном был затронут широкий спектр вопросов и проблем.